奥美拉唑肠溶胶囊常见的副作用包括头痛、腹泻、恶心、腹痛、胃肠胀气、便秘、偶见皮疹、眩晕、失眠、嗜睡等，但这些不良反应通常比较轻微，在停止使用药物后可自动消失。
不良反应的严重与否与剂量无关，长期治疗未见严重的不良反应，个别患者可出现胃黏膜细胞增生和萎缩性胃炎。在用药期间需要注意忌口，禁止吃油腻、油炸、辛辣、生冷等刺激性食物。对于孕妇和哺乳期妇女一般是不用这类药物。
