一般区分甲状腺炎与甲亢主要的区别是：首先，甲亢会有促甲状腺素受体抗体阳性或者合并过氧化物酶抗体阳性，而甲状腺炎多伴有血常规、c蛋白以及血沉的炎症指标的升高，而甲亢患者大多都不合并，此类炎症反应的化验结果升高，同时鉴别甲状腺炎与甲亢最主要的鉴别为吸碘率，在甲亢的患者吸碘率明显增高，而在甲状腺炎的患者中吸碘率是下降的，另外，甲状腺彩超和甲状腺抗体检查，以及临床的表现，都能够进行甲状腺炎和甲亢的区分。
