做胃镜检查的痛苦，并不像想象中的那么剧烈，和个人的敏感程度有关。
在做胃镜之前，一定的麻醉药来麻痹神经，减轻痛苦。比较敏感的患者在胃镜进入到会咽部时，会有恶心、呕吐等反应。胃镜在观察胃壁时，需要注入气体，部分人也会感受到腹胀，如果实在难以忍受，无痛胃镜，操作过程会给予镇静药和麻醉药。在昏睡时，就可以完成检查的全部过程。
