衣原体咳嗽是有传染性的，衣原体咳嗽的治疗以正规抗感染、止咳治疗为主，抗生素首选大环内酯类抗生素，阿奇霉素或者罗红霉素效果比较好，如果症状严重，还需要联合其他广谱类抗生素一起使用，其他广谱类抗生素包括青霉素类抗生素、头孢类抗生素、氨基糖苷类抗生素、喹诺酮类抗生素等。
止咳药常用的有肺力咳胶囊、氨溴索口服液、羧甲斯坦口服液、复方甘草合剂、急支糖浆等，在用药的同时，还要注意清淡饮食，忌辛辣，戒烟酒。
