胃镜活检一般情况下，对胃黏膜伤害很小。一般患者不会出现腹痛、消化道出血等严重并发症。但是如果患者本身胃黏膜就有明显的器质性病变，这时候做活组织学检查，可能风险就比较高。
比如患者有胃溃疡或者胃部肿瘤性疾病，这时候在本身就存在的病变基础上，再活组织学检查，可能消化道出血或者消化道穿孔的概率就比正常人要高很多。总体来讲，普通的患者胃镜活检一般对胃黏膜伤害是很小的，但是如果有一些严重的器质性病变，这时候活组织学检查，风险就比较高。
