十二指肠镜和胃镜主要的区别在于二者视野不同，观察的范围不同。
胃镜从食管到胃到十二指肠都可以观察，而且胃镜的镜头是朝前方的，也就是说，它会随着胃镜的前进而观察前方的粘膜的情况。但十二指肠镜是侧视镜，它的镜头跟镜子的方向是垂直的，所以它一般只用于观察十二指肠乳头附近黏膜的情况。另外，十二指肠镜主要用于做乳头或者是胆管相关的内镜下治疗，比如说ERCP等等。
