巧克力囊肿怀孕后,对胎儿是没有影响的。巧克力囊肿对育龄期女性主要的影响是可能导致不孕不育。但是如果一旦成功受孕后,对胎儿和母体就没有其他的不良影响,怀孕后由于发生了闭经,对子宫内膜异位囊肿起到了一定的治疗作用,所以怀孕后子宫内膜异位囊肿,是不会继续增大的,甚至会有一定程度的缩小,所以说,怀孕是对子宫异位囊肿最好的天然的治疗。