半夜肛门疼醒，考虑以下几种情况：
一，痔疮发炎水肿。当痔疮发炎水肿时，也会表现为肛门部的疼痛，查体可见肛门部痔疮水肿、血栓形成。
二，肛周脓肿。肛周脓肿是肛门腺感染的急性化脓性疾病，表现为肛周皮肤的红肿，隆起，化脓时有波动感，皮肤红肿热痛，夜间疼痛可剧烈。
三，肛门直肠神经痛。由于夜间交感神经兴奋，所以，疼痛感特别明显，有的人可以在瞬间疼醒。
