偶尔的一次自来水灌肠对人体的影响可以忽略不计，如果长期反复灌肠，会对身体造成以下影响。
首先会造成肠道菌群失调，自来水反复的冲洗会影响肠道的稳态，导致肠道菌群失调，引发一系列肠道反应。二，肠道的应急主要是水温把握不好，忽冷忽热可能会导致突然的肠道痉挛，出现肠道的剧烈疼痛。肠道的粘膜损伤，反复的灌肠插管容易损伤肠道粘膜，最后反复灌肠，容易导致患者习惯性的依赖，使自主排便功能减弱，需要依赖灌肠才能出现排便。
