胸腺切除术后一部分患者会出现免疫力低下，容易导致出现各种感染，比如病毒感染、淋巴瘤、恶性肿瘤等加重。
胸腺是细胞免疫的中心，主要T细胞在胸腺内发育成熟，胸腺切除术后早期机体免疫力可能会下降，但是多数情况下，经过一段时间适应后人体的脾脏或者淋巴结的细胞免疫功能得到重新激活，免疫力可以复原。另外，有一部分患者胸腺切除术后重症肌无力症状会加重，甚至出现肌无力危象需要注意。
