强直性脊柱炎后期可能会出现关节的畸形、脊柱强直、髋关节以及骶髂关节的融合、畸形，甚至是导致关节残疾，引起行走活动受限。
同时，强直性脊柱炎后期也有可能出现其他的脏器受累，比如心脏、肺都有可能出现受累，只是强直性脊柱炎出现多脏器受累，相对于其他的风湿免疫疾病来说较少。强直性脊柱炎主要的病变是以脊柱关节为主，也可出现外周关节的病变，以及关节外的临床表现，关节外的临床表现主要是虹膜炎、肠炎等。
