生殖器疱疹一经感染后，无法彻底根治，该病毒可终生携带。
不过生殖器疱疹患病后，可以临床治愈。治疗的原则为缩短病程，防止继发细菌感染和全身的播散，减少复发和传播的机会。目前认为，核苷类药物，是治疗生殖器疱疹最有效的药物。核苷类药物包括阿昔洛韦、伐昔洛韦或泛昔洛韦。如果是复发型的生殖器疱疹，最好在出现前驱症状或皮损出现24小时内开始治疗。外用药物，以收敛干燥和防止继发感染，可以选用阿昔洛韦、喷昔洛韦或硫磺炉甘石洗剂。
