两者主要的区别是在于检查方式的不同，以及对于疾病诊断的价值不同。
胃钡餐造影是口服钡剂，然后在X光下进行，对胃部疾病的一种间接观察方式。而胃镜检查是可以对胃黏膜进行直观的粘膜观察。同时，对于病变处还可进行病理活检化验。其次，对于胃部疾病诊断的金标准还是依靠胃镜检查。目前，临床上怀疑有胃部疾病，首选胃镜检查。如果不能耐受胃镜的痛苦，或者是不能够进行无痛麻醉，才选择为钡餐造影。
