头部CT和核磁共振的检查，各有优缺点，各自适用于不同的病症，没有办法说明哪一个更好，只是说哪种检查更合适，具体的病情。
CT检查多用于急发性的，尤其是需要抢救的患者，比如颅骨的骨折，脑出血以及颅内肿瘤和炎症性病变、血管性病变以及钙化性疾病的患者。
核磁共振更适用于急性期的脑梗、脑炎、动脉肿瘤，还有血肿和脑部先天性异常，以及中枢神经系统性疾病等等。
