做普通胃镜检查，主要有恶心等不适，做无痛胃镜检查没有痛苦。
普通胃镜检查费用偏低，多数在检查前口服咽部局麻药，服药后5到10分钟进行检查，通常进镜时会有干呕，恶心，一会儿后逐渐难受，症状逐渐消失。两小时内会有咽喉部不适。无痛胃镜是在静脉麻醉的状态下进行检查，没有不适，但无痛胃镜的费用偏高，增加了麻醉药及麻醉费的项目。如长期吸烟，伴有咽炎等症状时，常规胃镜检查恶心较重，有时会影响观察。
