小肠手术后常见的危害并发症有肠吻合口瘘，腹腔感染，吻合口出血，腹腔内出血，肠吻合口狭窄，肠粘连，肠梗阻等并发症。绝大多数病人小肠手术后可以恢复正常。胃肠道功能恢复正常后可以正常进食，没有特殊影响。但是如果出现上述这些并发症，会有生命危险，必要时需要二次手术。另外，小肠如果切除过多，剩余小肠过短会出现短肠综合症，引起营养吸收障碍，甚至危及生命。
