甲状舌管囊肿是不会自愈的。
先天性甲状舌管囊肿或者瘘管是颈部最常见的先天性疾病，因其发生于颈正中故又叫颈中线囊肿或瘘管，其发生与甲状舌管的胚胎发育异常有关。胚胎发育至第三、第四期时，在原始口腔底部发生甲状腺舌管下行至颈部，其下端发生甲状腺。甲状舌管未退化或未完全退化则形成甲状舌管囊肿及瘘管。如果感染的时候可能出现囊肿迅速增大且伴有局部疼痛或压痛。一般治疗原则都是手术彻底切除。
