非淋菌性尿道炎的后遗症，男性和女性表现不同。
男性可以为附睾炎，多为急性单侧发生常与尿道炎并存，前列腺炎多见于亚急性的前列腺炎，赖特综合症，表现为尿道炎、结膜炎和关节炎三联征，另外还可以有直肠炎、眼虹膜炎、强直性脊柱炎等等，女性的非淋菌性尿道炎的后遗症可以表现为前庭大腺炎、输卵管炎、子宫内膜炎、宫外孕、不孕症甚至肝周围炎，所以非淋菌性尿道炎早期发现后及时治疗是很有必要的。
