环孢素比较常见的副作用包括胃肠道反应，比如恶心、呕吐、腹泻等等。
另外，常见的副作用还包括肝肾毒性，肝肾功能损害、牙龈增生、毛发过多、高血压等等。另外，还有可能引发一些比较少见的不良反应，比如过敏反应，白细胞减少，诱发糖尿病等等。当然，由于环孢素是一种免疫抑制剂，它可以严重的抑制机体的免疫功能，从而使病人患肿瘤，感染等的风险增加。
