扁桃体发炎的致病菌主要为乙型溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎链球菌、流感杆菌及腺病毒或鼻病毒、单纯疱疹病毒等，有时候也是细菌和病毒合并感染，因为当机体抵抗力、免疫力下降时，在受凉、过度劳累后，就可能出现一个扁桃体的炎症，那么病原体大量繁殖以后，破坏隐窝上皮，细菌侵入其实质而发生炎症，就出现全身的畏寒、高热、头痛、食欲下降、疲乏无力、周身不实，小儿可因高热而引起抽搐、呕吐及昏睡。
