肛肠科主要检查的是肛周，直肠以及结肠的相关病变。
常用的检查方式包括肛门指检就是用手触碰肛门周围以及肛门内手指可以触摸范围之内的病变，有无硬结，肿块，便血等等。
另外还有一些检查比如肛门镜是在直视下对肛门进行检查直肠镜是在直视下对直肠进行检查，电子结肠镜是在直视下对直肠和整个结肠进行检查。
另外还有一些专业的仪器包括肛门的腔内三维B超，肛管压力测定，盆底肌电图等等，一般根据不同的病情选择不同的检查。
