急性肾盂肾炎最常见的致病菌是大肠埃希菌。临床上通过对尿路感染细菌谱变化的监测，结果显示，多年来，一直居于首位的致病菌，就是大肠埃希菌。
除此之外，还有几种占有主要优势的致病菌，如肠球菌、葡萄球菌、肺炎克雷伯杆菌、铜绿假单胞菌等，都是急性肾盂肾炎的主要致病菌。其他还有真菌、结核菌、支原体、衣原体等感染。
对于具体的病人，会对其进行尿细菌培养、药敏试验等方面的检查，从而可以确定具体是哪一种菌的感染，进行针对性治疗。
