肾母细胞瘤发生的原因有学者在1990年提出肾源性肾盂的概念。认为肾源性肾盂是肾母细胞瘤的前期病变。肾母细胞瘤发生于后肾胚基的肾盂细胞,后肾胚基细胞分化延滞、残留导致肾源性肾盂发生,通过动态观察发现,绝大多数肾源性肾盂最终退化消失,而那些不退化的肾源性肾盂可能进一步发展为肾母细胞瘤。现在越来越明确,一些遗传因素在肿瘤发生过程中起了一定的作用,WT1是首先被确定的,并且最为完整表达肾母细胞瘤的基因。