胃肠镜检查可以挂号消化内科就诊，也可以挂号胃肠外科就诊。胃肠镜检查，有的医院属于内镜诊治中心，这时候也可以挂号内镜诊治中心或者内镜室这样的科室来就诊。
胃镜、结肠镜检查属于有创的操作，有一定的检查风险，比如消化道出血、消化道穿孔。这些并发症概率不是特别高，但是确实有极少一部分患者可能存在这样的检查风险，患者需要考虑到这些检查的风险。此外，结肠镜检查需要患者提前喝泻药，将肠道清洁干净。
