治疗百日咳的药物主要包括对症治疗的药物和病因治疗的药物。
针对于咳嗽的症状，可以选择对症治疗的药物有：氨溴特罗口服液、丙卡特罗口服液、非那根止咳糖浆、右美沙芬片、复方甘草糖浆等。
针对于病因治疗，可以选择抗百日咳杆菌的药物，选择大环内酯类的药物，比如：罗红霉素、阿奇霉素、克拉霉素等；还可以选择大环内酯类药物联合喹诺酮类的药物，如氧氟沙星、左氧氟沙星、加替沙星等。
随时复诊，调整治疗方案。
