卵巢巧克力囊肿属于盆腔子宫内膜异位症的一种,其发病原因至今尚未阐明,可能和种植学说、体腔上皮化学说、诱导学说有关。包括经血逆流,是指月经时子宫内膜腺上皮和间质细胞,随着经血逆流,经输卵管进入卵巢种植于卵巢和邻近的盆腔腹膜,并在该处继续生长蔓延,所形成盆腔子宫内膜异位症。其次,还可能是子宫内膜通过淋巴及静脉向远处播散发生异位种植,内异症的形成还可能和遗传因素,免疫与炎症因素相关。