扁桃体是免疫活性器官，它可产生淋巴细胞，并使整个机体产生免疫。
扁桃体是处于外源病菌入侵机体的一个门户位置，具有特殊的组织结构，但是，当扁桃体反复受感染成为病灶后，使机体不断地遭受由病灶释放的外来细菌性异体抗原刺激，产生特异性抗原，这些抗原抗体复合物容易进入血液循环，并且现在已证实风湿热、肾小球肾炎等是扁桃体病灶引起的免疫复合物病。所以，一旦怀疑扁桃体已成为一个病灶时，还是越早切除越好。
