如果肠道出现真菌感染，可以使用抗真菌药物进行治疗，比如说酮康唑、伊曲康唑。
临床上常常是以白色念珠菌感染最为常见，有的时候也会出现曲霉菌的感染。这种病原体感染人体之后会出现一定的症状，比如说腹泻、腹胀、恶心、呕吐、发热的症状，在治疗的同时可以使用激素进行治疗。如果出现肠道紧急失调，可以口服一些调节肠道菌群的药物。
如果先脱水或者电解质紊乱，可以进行补液，一般真菌感染是做镜检标本检定的。
