胃肠造影和胃肠镜检查的区别就是诊断疾病，阳性率的高低。
一般胃肠镜诊断疾病作为首选更直观，消化道造影诊断胃肠道疾病的概率是比较低，而且胃肠镜检查可以取病理组织学检查，做到诊断疾病的金标准。而胃肠造影检查是不能够取病理组织学检查。综上所述，如果患者没有消化道检查的禁忌症，建议患者首选胃镜、结肠镜检查，来直观的看消化道有没有相关器质性的病变，胃肠道造影检查退而求其次。
