慢性扁桃体炎一般都是由于急性扁桃体炎治疗不彻底,腺窝口内细菌病毒滋生致反复发作,扁桃体腺窝及实质发生的慢性炎症性病变。感染菌是链球菌和葡萄球菌,为慢性扁桃体炎的主要致病菌。屡发急性腭扁桃体炎使隐窝内的上皮坏死,细菌大量繁殖,炎性渗出物堆积其中,加之炎症的刺激,扁桃体实质结缔组织增生或形成瘢痕收缩,阻塞隐窝引流,导致慢性扁桃体炎的发生和发展。有时也可继发于某些急性传染病。