治疗首先是提高自身的免疫力。食管真菌的感染，也就是在机体免疫力低下或者长期应用免疫制剂的时候，容易发生感染。所以提高免疫力是首先；
第二，应用药物治疗。首选的是抗真菌的治疗，抗真菌的药物有制霉菌素、两性霉素类药物。最后，还需要积极的处理潜在的病因，比如停用激素、抗生素以及其他免疫抑制剂等药物。避免影响。
如果应用内科的药物治疗效果不佳。同时，真菌感染症出现了食管的狭窄。部分需要手术扩张食管治疗。但总体来讲，经过积极的治疗，一般预后良好。
