咽拭子分鼻咽拭子和口咽拭子，一般情况下，以口咽拭子为主。口咽拭子的取样需要患者清洁口腔以后，用压舌板压住舌前2/3，用咽拭子在口咽部旋转，粘取咽腔的分泌物留取标本。而鼻咽拭子是需要通过鼻腔直接下到鼻腔后面的鼻咽部来取标本，鼻咽拭子有一定的条件限制，比如说急性鼻炎、鼻子不通气，或者说鼻腔结构异常、鼻中隔偏曲、下鼻甲肥大也会影响鼻咽拭子的取样。
